幼时的土行孙在一次探险中亲眼目睹父亲的死亡，胆怯的他再也不使用异能。在蔡叔收养下长大的土行孙喜欢上了古奇店老板的女儿归蝶。与此同时统治者为求长生，令方士寻其道。方士确认了土行孙身上他父亲的遗物就是自己要找的徽章，便以归蝶作要挟，迫使土行孙带领众人寻找遗迹入口，危险一触即发。
影片讲述7名高中生到一个偏远的小镇远足露营，回到家时发现澳大利亚已经陷入战争，他们不得不拿起武器展开反击…… 艾利和自己的好朋友奥莫、塔卡姆、凯文、科瑞、罗比恩和菲奥娜一起去野营,一个星期之后,他们从野营地归来。 可是当他们回到城市之后,却发现城市里人在不断地失踪,人们喂养的宠物和牲口也在不断地死掉。这个时候,这一群年轻人才意识到他们前往纪念节日狂欢场的家人可能永远也不会回来了。幸运的是科瑞的爸爸在早些时候从狂欢场发回来了一条传真,他在上面警告自己的孩子说,自己的国家正在遭受武装入侵,全国一片混乱,他希望自己的孩子能找个地方躲起来。看到传真之后,这些年轻人立即分头前往自己的家里,看看是不是还有家人活着。但是罗比恩和卡塔姆一去不回。与此同时,艾利、凯文和科瑞遭到了入侵军队的追击。在反抗的过程中,艾利用割草机杀死了三个士兵,但是他自己也受了伤。无奈之下,他们只有躲进了科瑞的家里。这个时候,敌人的轰炸机开始对这个地区进行轰炸,他们似乎要将这些年轻人赶尽杀绝。 艾利和奥莫最终决定去找罗比恩和卡塔姆。他们在一个地势低洼的小水沟里找到了他们。他们没有办法返回的原因是卡塔姆的腿部中弹。在逃亡的过程中,他们又发现了一个幸存的好朋友克里斯,在入侵一开始,克里斯就躲了起来,总算是捡回来了一条命。这五个好朋友找到了躲在科瑞家附近的其他人--从现在开始,他们就要携起手来对付那些入侵者了。城市里已经不再安全,他们只好又逃回了自己野营地。 奥莫想到了一个暂时保全自己的办法,烧毁城市通往野营地的一座木桥。于是他们找来了一点燃料,准备烧掉这座桥。在施行这个计划的过程中,科瑞中枪。在安全屋踌躇之际，凯文自告奋勇要把科瑞送到敌人的医院去,希望他们能处理科瑞的伤势。就这样,八个好朋友分成了两拨。凯文带着科瑞离去,剩下的六个人开着偷来的车进入了野营地，继续他们的游击抗争。
正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！
