约翰·钱伯斯和他的家人抵达宾夕法尼亚州一个乡村小镇的新家后不久，约翰开始出现睡眠麻痹。 躺在那里瘫痪，被困在自己的噩梦中，异世界的生物拜访了约翰。 它们是存在于夜晚最黑暗阴影中的实体，只能从眼角看到。
本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景，将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡特接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡特不顾命令，仍然参与战斗，之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。
未来世界，感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间，地球一半的领土便宣告陷落。人们流离失所，躲在最后的保留地苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）的南部博士（岸谷五朗 饰）发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量，而力量提升后的超级战士正是阻挡恶魔党的不二人选。在此之后，鹫尾健（松坂桃李 饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人得到ISO的发掘，经过连番常人难以想象的特训，他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队战士。某次战斗后，健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入进来，他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童 饰），以期获取Last Suicide计划的详情。面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄悄发生着变化……©豆瓣
